Las universidades no permanecieron inmutables. Aunque en general no abandonaron el aristotelismo, lo renovaron y realizaron adaptaciones notables. A principios de siglo se mantuvieron relaciones intensas con la Universidad de París, en la que predominaban los estudios de lógica en la vía del “nominalismo”. Un grupo imp. de profesores universitarios españoles del S. XVI se formó en París, y algunos enseñaron en aquella universidad durante bastantes años. Éste fue el caso del valenciano Juan de Celaya. Otros miembros del grupo parisino enseñaron posteriormente en Alcalá, contribuyendo a difundir la lógica nominalista, y, por último, alcanzaron también a Salamanca (entre ellos Pedro Ciruelo y Martínez Silíceo, que fue preceptor de Felipe II y arzobispo de Toledo). Los nominalistas realizaron progresos en física, y algunos aportaron precedentes imps. a la rev. científica del S. XVII.
Durante el 1er. tercio del siglo la primacía de innovación intelectual se dio en la Universidad de Alcalá. Pero este centro pronto sufrió las consecuencias de la persecución antierasmista. Salamanca recuperó entonces el 1er. lugar y se convirtió en el centro de una “segunda escolástica”, depurada de algunos de los facts. negativos que aquejaban a aquel sist. filosófico a fines del S. XV. Los autores de esta restauración del tomismo fueron un grupo de dominicos de alto nivel que ocuparon, uno tras otro, la célebre cátedra de prima de aquella universidad. Abrió la serie Tomás de Vitoria (1492-1546), discípulo de Celaya en París y catedrático en Salamanca durante 20 años. Su renovación abarcó la depuración del latín utilizado, el retorno a las fuentes, superando a los comentaristas y glosadores, la sistematización de los temas, el mantenimiento de un criterio personal y el tratamiento de cuestiones de actualidad. Se le considera uno de los creadores del Derecho Internacional por sus opiniones sobre la “guerra justa” y las relaciones entre los estados. Cuestionó los “justos títulos” de la monarquía para la conquista de América (1539) y desechó mucho de ellos, pero terminó justificándola en función de la expansión del cristianismo.
El 1er. sucesor de Vitoria en su cátedra fue Melchor Cano. Le sucedió Domingo Soto, formado en París y Alcalá, como tanto otros. Soto, confesor de Carlos V, fue un teólogo y un jurista de 1ª fila en el campo del derecho de gentes, y uno de los físicos que avanzaron hacia el descubrimiento de la ley de gravedad; este ej. nos muestra el carácter unitario del saber que se daba entre los escolásticos, como entre los humanistas. Los dominicos conservan la cátedra de prima de Salamanca en la 2ª ½ del siglo con Bartolonié de Medina y Domingo Báñez.
La culminación de la escolástica renovada correspondió al jesuita Fco. Suárez (1548-1617), que enseñó en diversas universidades y murió siendo profesor de la de Coimbra en Portugal. Fue el autor de una colosal obra filosófica las Disputationes Metaphysicae (1597), que ejerció una gran influencia a lo largo del S. XVII, tanto en la Europa católica como en la protestante. Intervino en la polémica sobre la gracia santificante, contribuyendo a fijar la posición de su orden. Suárez fue un tratadista político y sistematizó la doctrina de la Compañía de Jesús sobre el origen indirecto del poder, recibido por el monarca de Dios, por medio del pueblo (De legibus, 1612). Aunque la práctica de la Compañía de Jesús fue fiel a las monarquías absolutas, su doctrina populista nunca fue del agrado de los reyes y en ocasiones sirvió de justificación a movs. de rebeldía, por ej., en la América española. La misma doctrina exponía el padre Juan de Mariana, hermano de religión de Suárez en su obra contemporánea sobre De rege (1599), escrita para la educación del futuro Felipe III. Su teoría sobre la licitud de dar muerte al tirano era sólo un punto extremo de la doctrina populista ya existente.