La búsqueda de la tumba de Alejandro ha sido objeto de numerosas expediciones, que se cifran en unas 150 solo en el siglo XX. El mismo Schliemann, descubridor de Troya, en 1888 solicitó permiso a las autoridades egipcias para excavar bajo la mezquita del profeta Daniel, pero no se lo concedieron. Otro descubridor célebre, Howard Carter, poco tiempo antes de morir afirmó enigmáticamente que él sabía donde estaba la tumba de Alejandro Magno, pero que el secreto moriría con él, como efectivamente así fue. En 1960 un equipo arqueológico polaco excavó los alrededores de la mezquita hasta quince metros de profundidad, sin encontrar ninguna tumba.
Cuando en 1977 el arqueólogo griego Manolis Andronikos descubre las tumbas reales en Macedonia, una de las cuales, según los indicios, albergó el cuerpo de Filipo II, padre de Alejandro, volvieron las expectativas y la esperanza de encontrar la de su hijo. Más recientemente, en 1991, se organizó una expedición, con el fin de excavar de nuevo bajo las criptas de la mezquita, que también resultó fallida, pues arqueólogos rivales convencieron a las autoridades religiosas de que no era necesario seguir investigando sobre algo que ya se sabía. En enero de 1995 una pareja de arqueólogos, los Souvaltze, ratificaron lo que en 1991 habían anunciado a bombo y platillo: su descubrimiento de la tumba de Alejandro Magno en el oasis de Siwa. Tras un entusiasmo inicial, se comprobó por parte de otro equipo de arqueólogos, esta vez griegos, que los hallazgos correspondían a un templo de época romana.
Paralelamente a estos intentos, ha persistido la leyenda que niega que el cadáver de Alejandro llegase a Alejandría, lo cual ha desatado aún más la fantasía con respecto a localizar sus restos en los lugares más diversos, desde el valle Ferghana en Asia Central, hasta Marghilon, una ciudad en plena Ruta de la Seda. El rumor más extravagante en este sentido afirma que el cuerpo de Alejandro se encuentra escondido en una cueva secreta al sur del estado de Illinois.
En el Museo Arqueológico de Estambul, un magnífico sarcófago, encontrado por casualidad en 1887 en la necrópolis real de Sidón, en el Líbano actual, durante mucho tiempo fue considerado el “sarcófago de Alejandro”. El monumental sepulcro, realizado en mármol pentélico por un desconocido aunque experto escultor heleno, muestra en su perímetro escenas de la vida del gran rey: cazando, luchando contra los persas… Se ha calculado que fue realizado en la segunda mitad del siglo IV a.C., por lo cual bien podría haber servido para albergar los preciados restos. No obstante, los estudiosos del tema han desechado tal hipótesis, y atribuyen el lujoso enterramiento al rey fenicio de Sidón Abdalonymos, el cual sostuvo una excelente relación con Alejandro, que lo puso al frente de su región. Por otra parte, no resulta probable que un cuerpo momificado y envuelto en oro, destinado a ser visto, se guardase en un sarcófago de mármol, teniendo en cuenta además, que resultaría extraordinariamente pesado de trasladar hacia Siwa. Otra posible hipótesis apunta a que el propio rey de Sidón lo mandase esculpir, como ofrenda póstuma a su rey amigo, quién sabe si con la esperanza de que pudiese permanecer en su ciudad para siempre.
Entre todas las conjeturas, la más verosímil apunta siempre a los subterráneos de la mezquita del Profeta Daniel, ya mencionada, si bien hasta el momento las investigaciones que se han llevado a cabo en la zona no han ofrecido el menor resto de lo que pudo ser el lugar de reposo de uno de los más brillantes personajes de nuestra Historia.