La lucha por el poder que se desataría después tuvo un antecedente simbólico en lo ocurrido con el cadáver del gran rey.
Aristandro, adivino de la corte, había anunciado que el país en el cual se enterrase a Alejandro gozaría de fortuna y prosperidad. Por otra parte, el propio rey había expresado su deseo de ser enterrado en el templo de Amón del oasis de Siwa, allí donde los sacerdotes le habían reconocido como hijo del supremo Amon Ra, cuando visitó el santuario en 331, tras arrebatar Egipto a los persas.
Pérdicas, que había sido confirmado como regente por los otros generales macedonios, teniendo muy en cuenta la predicción de Aristandro y por el contrario dando de lado la voluntad del rey, resolvió que el cadáver fuese trasladado a Macedonia para reposar en el panteón de sus antepasados. El traslado le serviría de pretexto para enviar tropas bien pertrechadas, pues ya se habían producido las primeras reacciones de rebeldía ante su designación como regente.
En lugar de la tradicional cremación en pira funeraria, se embalsamó el cadáver a la manera egipcia y se le envolvió en un sudario hecho de láminas de oro, que reproducía fielmente los rasgos de su rostro, según cuenta el historiador romano Diodoro Sículo. Tras dos años de trabajos, se preparó un catafalco adornado bellamente a base de oro y piedras preciosas. Sesenta y cuatro mulas se encargarían de llevarlo a lo largo de más de 3000 kilómetros, escoltado por una guardia de honor, al mando de un noble macedonio, lugarteniente del rey muerto. El cortejo fúnebre, impresionante en su majestad, partió de Babilonia, hacia el Norte, siguiendo el curso del Eufrates, para continuar hacia la antigua ciudad persa de Opis y después hacia el noroeste siguiendo el río Tigris, lentamente, quizá no más de 15 kilómetros al día, recibiendo el homenaje de miles de personas que acudían a ver pasar la comitiva. El recorrido continuaba bordeando el desierto de Siria y a lo largo de la costa hacia la actual Iskenderum, en Turquía. Allí Ptolomeo Lágida, que había sido nombrado gobernador de Egipto, al frente de un ejército, salió al encuentro de la procesión, obligando al cortejo a tomar la dirección de Egipto. Ni qué decir tiene que Pérdicas, al conocer la noticia, acudió a presentar batalla, pero no le dio tiempo de llegar al territorio controlado por Ptolomeo, pues fue asesinado por el camino. Ningún otro general osó disputar el cuerpo de Alejandro.
Pero Ptolomeo no cumplió el deseo de su rey y en lugar de llevar a Siwa el catafalco, resolvió construir un mausoleo en el centro de Alejandría, que sería a partir de entonces cementerio real de la dinastía por él instaurada.
El lugar escogido para enterramiento del rey fundador de la ciudad estaba en el centro de la misma, en la intersección de sus dos vías principales, una de las cuales es actualmente la calle Nebi Daniel. El lugar pronto se convirtió en centro de peregrinación, algo así como talismán de la dinastía ptolemaica. Cuando Octavio vence a Marco Antonio y Cleopatra, su primera visita fue a la tumba de Alejandro, tal como antes que él habían hecho Julio César y Marco Antonio, según narra el historiador Dión Casio. Se dice también que Calígula se hizo traer una pieza de la armadura de oro que cubría el cuerpo embalsamado del rey macedonio y lo llevaba como talismán protector, y que Caracalla se despojó de su mato púrpura y, en señal de respeto y veneración, cubrió con él el cuerpo de Alejandro.
Según el profesor de Historia de la universidad de Houston, Frank Holt, todo parece indicar que hacia finales del siglo IV, la ola de destrucción de lugares paganos encabezada por el patriarca de Alejandría Teófilo produjo la demolición del mausoleo de los tolomeos y por tanto de la tumba de Alejandro, tal como había sucedido también con otros monumentos, como el templo dedicado a Serapis. El motivo no era tanto de revancha histórica, sino un ataque directo al hecho de que los reyes difuntos eran considerados dioses. En su lugar se edificó una iglesia dedicada a san Atanasio, que fue convertida en mezquita en 640. El antiguo edificio fue demolido y se construyó encima la actual mezquita del profeta Daniel. Las criptas y catacumbas que se encuentran en el subsuelo dieron lugar a conjeturas sobre la posibilidad de que alguna de ellas albergase aún los restos del rey macedonio.
