La última fase del plan contrainsurgente del Ejército contemplaba la instauración de la democracia mediante elecciones libres, y también el retiro paulatino de los militares del poder del Estado para consolidarse en los organismos de inteligencia a fin de perpeturar el control poblacional y territorial obtenido militarmente durante el conflicto armado. Como parte de sus acciones de inteligencia militar, a fines de los años 70 el Ejército había creado una estructura secreta para interceptar cargamentos de armas para las guerrillas. Esta organización creció y sirvió de instrumento principal para penetrar instituciones del Estado desde donde sus responsables coordinaron acciones de contrabando de mercancías y personas, narcotráfico, robo de autos, de bancos y secuestros. El crimen organizado se apoderaba así del Estado mediante estructuras militares paralelas de poder que crecían al amparo de la institucionalidad "democrática".
El primer gobierno no-militar de la contraisurgencia fue el del abogado Vinico Cerezo, quien instauró una tradición política de corrupción civil basada en la manipulación de la recién estrenada institucionalidad democrática para promover el enriquecimiento ilícito de grupos de clase media enquistados en el Estado. Esta tradición fue desarrollada hasta extremos escandalosos por el siguiente presidente civil, el evangélico Jorge Serrano, quien fue defenestrado por un movimiento ciudadano en 1993. Los poderes militares paralelos ejercían el poder detrás de las fachadas civiles, y los presidentes y sus gabinetes se prestaban al juego a cambio de su enriquecimiento acelerado.
Después de estos hechos y en vista del reordenamiento mundial que implicó el fin de la Guerra Fría, la oligarquía criolla decidió retomar el control del Estado enarbolando la bandera contra la corrupción por medio de la promoción de la democracia, y se lanzó de lleno al quehacer político, el cual durante mucho tiempo había dejado en manos de las capas medias. El éxito fue arrollador porque el electorado pensó que, tratándose de una elite de millonarios, los miembros de la oligarquía metidos a políticos no usarían el Estado para enriquecerse. Las elecciones de 1995 fueron, pues, ganadas por el Partido de Avanzada Nacional (PAN) y por su dirigente, el oligarca criollo Alvaro Arzú, quien al tomar el poder sustituyó su plan de desarrollo económico por la ayuda de la cooperación internacional, haciendo depender de los organismos internacionales de financiamiento gran parte del quehacer de la sociedad política. Como consecuencia, Arzú tuvo que promover la firma de la paz con la guerrilla (un requisito de la comunidad internacional), pero también impulsó privatizaciones escandalosamente fraudulentas de activos estatales, inaugurando una forma de corrupción de altos vuelos empresariales, envasada en los dogmas de la "teoría" neoliberal: una moda intelectual que sirvió de divisa a los empresarios jóvenes que vieron en ella la legitimación ideológica de sus necesidades sectoriales de modernización económica y política.
La paz se firmó, pues, a finales de 1996, en circunstancias oscuras. La secretividad de las negociaciones, así como la negativa de las partes a la participación de la sociedad civil en las mismas, las evidenciaron como componendas entre jefes militares que, mediante pactos secretos, se eximieron mutuamente de sus responsabilidades en la guerra sucia. Por otra parte, la URNG negoció la paz desde una posición de desventaja pues estaba militarmente derrotada desde hacía más de cuatro años. El papel no sólo decisivo sino de presión que jugó la comunidad internacional por medio de la representación local de Naciones Unidas (proclive a los intereses de la dirigencia de la URNG), eviedenció aquella negociación como un simulacro de reconciliación encaminado a echar a andar un proyecto bipartidista compartido por la derecha empresarial y la cúpula ex guerrillera (proyecto que convenía a las planificadas inversiones de la Unión Europea y de Estados Unidos), el cual muy pronto se reveló en toda su ineficacia, además de que ciertos pactos secretos entre la guerrilla y el Ejército durante las negociaciones de la paz se hicieron públicos. De hecho, la firma de la paz constituyó la mayor estafa política que las cúpulas de poder han perpetrado contra la ciudadanía, y la mayor fuente de frustración política ciudadana desde el derrocamiento de Arbenz y el truncamiento del proceso de modernización del país (3).
Después de la firma de la paz -que implicó el entronizamiento de la injerencia foránea en los asuntos internos del país por parte de la cooperación internacional, la cual codicionó a las partes a firmar los acuerdos a cambio de dos mil millones de dólares para financiar la pacificación-, la URNG fue incapaz de articularse como una opción partidista debido no sólo a su estricta obediencia a los pactos secretos contraídos con los militares en una negociación a la que llegó derrotada, sino también a su conocida ausencia de democracia interna y a su inveterado centralismo militarista, de modo que hoy por hoy es una fuerza política minoritaria y desprestigiada ante el grueso de la que fue su militancia y ante la comunidad internacional que una vez la apoyó. Su desprestigio se desprende asimismo de la adhesión que su dirigencia ha profesado en varios sentidos a Ríos Montt, quien gobernó el país desde la presidencia del Congreso de la República por medio de su partido, el Frente Republicano Guatemalteco (FRG), a partir de que su testaferro Alfonso Portillo ganara las elecciones contra el PAN (al que electorado dio un voto de castigo por su corrupción privatizadora) y quedara de presidente en el año 2000, con el apoyo de los poderes militares paralelos que gobiernan desde la clandestinidad. En efecto, son conocidas por la ciudadanía las mociones congresionales en las que los diputados de la URNG apoyaron a los del FRG en sus propuestas de modificación de la Constitución para favorecer la libre candidatura de ex golpistas y ex cabecillas de movimientos armados, todo lo cual convenía a las aspiraciones presidenciales tanto de Ríos Montt como de Rodrigo Asturias y otros dirigentes de la URNG.