Tanto la informática médica como la bioinformática se enfrentan a grandes problemas para conseguir el reconocimiento académico y profesional. Los científicos de la computación consideran que la informática aplicada es sólo una rama de un tronco común que soporta todas las teorías y los logros científicos. Según esta visión, ambas son simplemente aplicaciones de la informática a la medicina y la biología, respectivamente. Para muchos médicos, los informáticos médicos son profesionales de la tecnología que construyen software y bases de datos para ayudarlos en su práctica habitual. Un argumento similar puede explicar la relación entre biólogos y bioinformáticos.
Los investigadores de ambas esferas han luchado para desarrollar sus propios campos independientes, con departamentos, conferencias y revistas científicas especializadas. En ambos casos, la mayoría de los pioneros tenían alguna formación en campos técnicos como la informática o la ingeniería. Este guión cambió después de algún tiempo, es más notable en el área de la informática médica -qué es de hecho mayor en edad -, para integrar a médicos en programas universitarios de esta disciplina. Después, un proceso similar ocurrió dentro de la bioinformática.
Durante las dos últimas décadas, ha existido un continuo debate sobre el carácter de ciencia independiente de la informática médica. Este es un tema recurrente en las revistas especializadas y cada cierto tiempo vuelven a aparecer artículos que exponen que ella no es sólo una disciplina de apoyo y que posee una entidad científica propia. Algo parecido sucede con la bioinformática en los últimos años. La razón de esta insistencia es clara. Los profesionales de ambas disciplinas sienten que necesitan demostrar que sus especialidades son disciplinas científicas establecidas, que merecen reconocimiento académico y profesional. Sólo así, pueden lograrse programas universitarios, laboratorios independientes, mecanismos propios de financiación y el desarrollo de verdaderas carreras profesionales dentro de los departamentos tradicionales de biología, medicina o informática.
La obtención del genoma humano y la aparición de la medicina molecular han generado cambios en las comunidades de ambas disciplinas. Por un lado, los bioinformáticos tienen un enorme campo de aplicación. Por otro, los informáticos médicos diseñan una nueva agenda de investigación. Algunas actividades recientes enfatizan la necesidad de una colaboración entre ambas disciplinas para potenciar los enfoques de la medicina personalizada. Se podría crear una nueva área interdisciplinaria entre estas especialidades. La última podría aportar su foco y resultados en la gestión y la modelación de la información a nivel molecular, mientras que la primera puede proporcionar su experiencia en el desarrollo de aplicaciones clínicas.
Además, se podrían evitar episodios de "reinvención de la rueda" y de fracasos a la hora del uso rutinario en la práctica clínica, debidos a la resistencia de los médicos a la hora de incorporar ciertos sistemas informáticos y a la complejidad intrínseca al uso de la información clínica. Se necesita una nueva batería de desarrollos de software para transferir al entorno clínico, la enorme cantidad de datos que los investigadores de la genética obtienen en sus laboratorios. Los médicos tendrán que acostumbrarse a manejar un nuevo tipo de información, con características especiales.
Así, no sólo necesitarán métodos para buscar, acceder y recuperar información genética, sino también, métodos para reunir, clasificar e interpretar este tipo de datos.
Por ello, podrían aparecer sinergias entre ambas disciplinas, que complementen las carencias y problemas que individualmente presentan. Esta interacción podría tener un enorme impacto en la práctica de la medicina del futuro.