Algunos ejemplos son: la intervención de la membrana nuclear en el comportamiento de los cromosomas eucariontes, el número de cromosomas, la ploidía, linealidad, transcripción, inhibición y empacamiento de los mismos.
De esta manera, Arnold J.Bendich y Karld Drlica, han hallado resultados capaces de rebatir la validez de los argumentos anteriores:
• Empacamiento: los cromosomas eucariontes normalmente se condensan durante la mitosis mientras el ADN cromosómico (que normalmente cuenta con terminaciones específicas de telomerasa) es empacado en forma de nucleosomas por las histonas; estudios recientes han revelado que al menos una parte de los cromosomas en especies específicas de células procariontes también es empacada por histonas.
• Número de cromosomas y tamaño del genoma: el tamaño del genoma procariótico nos parecerá pequeño si lo contamos de manera directa; sin embargo, recientemente se ha comenzado a medirlo mediante técnicas de mapeo de fragmentos del ADN y pulso del campo de gel (pulse-field gel) por electroforesis. Estos estudios han revelado que un gran número de especies procariontes cuentan con dos o más cromosomas junto con un gran número de plásmidos; inclusive, se ha reconocido que en algunas ocasiones el número de cromosomas en células procariontes puede ser mayor al de células eucariontes.
También se ha demostrado que el genoma de los procariontes puede llegar a adquirir grandes proporciones; esto hace evidente que el argumento de que los cromosomas eucariontes son diferentes a los procariontes carece de validez.
• Ploidía: a pesar de que se dice que los procariontes son monoploidóicos, el número de copias del ADN genómico de las células procarióticas puede llegar a superar al de algunas células animales y vegetales; el caso que mejor ejemplifica lo anterior es el de la eubacteria Epulopiscium fishelsoni: su ADN contiene variedades de hasta cuatro a cinco órdenes de magnitud dependiendo del estado de desarrollo del organismo; inclusive puede llegar a sobrepasar la cantidad del ADN encontrado en el núcleo de células de mamíferos. Estos ejemplos nos muestran que el tamaño de las copias del genoma y la capacidad de presentar ploidía no excluye a los procariontes; de hecho se ha comenzado a pensar que estas características son más comunes en células procarióticas.
• Telómeros y forma de los cromosomas: la idea de que los cromosomas de los procariontes son circulares se basa únicamente en los estudios realizados en la E. colli; además, estos estudios se han llevado a cabo exclusivamente por medio de técnicas de mapeo (incapaces de distinguir entre las formas lineales y circulares de los mismos). Sin embargo, se han encontrado formas lineales en cromosomas de varias especies de bacterias; además, las terminaciones de estos cromosomas pueden llegar a ser muy semejantes a las presentes en los cromosomas eucarióticos: las terminaciones de los cromosomas de los eucariontes cuentan con estructuras específicas (telómeros) encargadas de regular la terminación de la réplica lineal del ADN, algunas especies de bacterias presentan en este punto varias secuencias invertidas y repetitivas capaces de formar curvaturas en los mismos; mientras se mantienen unidas a la terminación 5´ proteínas que probablemente se encargan de que la síntesis complementaria de la 3´ pueda realizarse adecuadamente.
Por otra parte, se ha demostrado que bajo condiciones específicas los procariontes pueden circularizar sus cromosomas y así sobrevivir a medios adversos. A partir de esta información, se hace evidente que no es claro que la mayoría de las células procariontes cuenten con ADN circular.
• Heterocromatina y silenciamiento de la transcripción: el silenciamiento de la trascripción en los eucariontes implica el bloqueo de la expresión de un gen al "fundirlo" con el silenciador (estructura reguladora específica del ADN), produciéndose un gran compactamiento de heterocromatina. Al igual que los eucariontes, los procariontes requieren de proteínas específicas para llevar a cabo este proceso: un complejo compactado de proteínas del ADN puede detectarse citológicamente si es lo suficientemente grande como para formar manchas; para ello se requiere que el genoma tenga un tamaño determinado. Como en el caso de los procariontes el genoma suele ser más pequeño o se presenta el silenciamiento del ADN en menores proporciones, para detectar estas formaciones debe realizarse el proceso de análisis in-situ; esto se ha podido realizar de manera exitosa en varias especies procarióticas.
La medición fluorescente del ADN y ARN en varios tipos de E. fishelsoni, sugiere que la condensación y disperción del nucleoide es acompañada por un aumento en la actividad de transcripsión; cuando el nucleoide se encuentra condensado, luce muy parecido a los cromosomas compactados de los dinoflagelados.