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Si aplicamos, ahora, el análisis analógico al tránsito de la filosofía medieval a la moderna podemos descubrir las estructuras conceptuales que definen gran parte de los problemas filosóficos planteados durante siglos, hasta determinar en buena medida la filosofía contemporánea.
Como se sabe, Descartes pasa por ser el fundador del pensamiento moderno, caracterizado, ante todo, por su ruptura con el saber tradicional, representado eminentemente por la oscuridad de los siglos medievales. En realidad, lo que Descartes conoce como "filosofía antigua" es un conjunto de recetas retóricas de uso común en las escuelas, que representaba apenas el espectro anquilosado de lo que había sido un pensamiento de una extraordinaria vitalidad. Descartes niega todo valor a la enseñanza de las escuelas, y propone un programa que ha de iniciarse en un comienzo desde los orígenes más absolutos: la duda respecto al saber tradicional y al conocimiento individual. Aquí se encuentra el origen, en la opinión común, de la filosofía moderna, entendida como el pleno ejercicio de la libertad de pensamiento. Sin embargo, hemos de preguntarnos por los supuestos no expresados que corren bajo doctrinas cartesianas tan características como la del "buen sentido" (bon sens), la idea como objeto de la mente, o el genio maligno. Hemos de indagar en las estructuras conceptuales que encuentran su continuidad en el pensamiento cartesiano, y que, provenientes del criticismo escolástico, hallan en Descartes su expresión más aguda y brillante, y luego se transmiten a la filosofía posterior.
Para ello será necesario poner de manifiesto las tres estructuras de pensamiento que marcan el desarrollo desde la escolástica clásica hasta el giro analítico contemporáneo, pasando por el racionalismo cartesiano: (1) la distinción formal ex natura rei, (2) la doctrina del ser objetivo (esse objectivum), (3) la hipótesis del poder absoluto de Dios (de potentia absoluta Dei).
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