Los manuscritos de Qumrán ofrecen un testimonio de primera mano y de primerísima calidad para el conocimiento de la historia del judaísmo clásico y de los orígenes del cristianismo en el marco del judaísmo del período helenístico.
Una de las discusiones más vivas actualmente, basada en un texto publicado en 1994, se refiere al origen saduceo o esenio de este escrito y de la comunidad de Qumrán. Se trata de una carta o tal vez de un tratado escrito por el famoso «Maestro de Justicia», fundador de la comunidad de Qumrán. Esta «Carta haláquica» (Miqtsat ma`ase ha-tora) enumera una veintena de normas jurídico-religiosas en las que los «qumranitas» apoyaban su separación cismática respecto a las autoridades religiosas de Jerusalén. Se refieren en gran parte a cuestiones relativas al espacio y al tiempo sagrado. La toma de posición de los qumranitas es siempre extremadamente rigorista: en el templo de Jerusalén, por ejemplo, sólo pueden ser admitidos los israelitas físicamente íntegros y en estado de pureza ritual; los no judíos y los minusválidos no pueden entrar en el recinto sagrado. este escrito critica la actitud más liberal sostenida por los fariseos, por lo que, según H.-L. Schiffmann, debería ser atribuido al ámbito del saduceísmo. El estudio de las relaciones entre sadoquitas, saduceos, hasidim, esenios, fariseos, celotas y demás grupos judíos de la época constituye uno de los campos más interesantes y complejos de la investigación de Qumrán.
