En un 1er. momento, durante los viajes colombinos, la org. se llevó a cabo mediante un régimen dual, de acuerdo a las capitulaciones de Santa Fe. Colón, como almirante mayor de Castilla, tomaba los títulos y funciones de virrey y gobernador de las nuevas tierras por él descubiertas, con carácter vitalicio y hereditario. Sus prerrogativas eran inmensas pero los graves desórdenes producidos bajo su gobierno, aconsejaron a los reyes (o fueron utilizados como pretexto) para modificar el sist. para garantizar el orden. El régimen de realengo se fue imponiendo a partir de 1500 por medio de gobernadores, nombrados por el rey con carácter temporal y con responsabilidad sólo ante el soberano.
===== //Los virreinatos////.-// =====
El cargo de virrey, con antecedentes en las coronas penins. fue creado en América, cuando se tuvo conciencia de la extensión de los nuevos territorios y de la imp. de las culturas en ellos asentadas. Fue el medio más claro de evidenciar la soberanía real y de establecer una autoridad superior. El origen de esta institución, aragonesa o castellana, puede situarse en la Baja E. Media. Cabe hacer una distinción, sin embargo, entre el título de virrey otorgado a Colón con sentido patrimonial y que se mantuvo en su familia hasta 1536 y el virreinato con sentido territorial, al frente del cual se hallaba una autoridad nombrada por el soberano con carácter temporal. El virrey tenía amplias atribuciones. Éstas eran más restringidas en materia de Hacienda, puesto que no podía autorizar gastos extraordinarios. Generalmente les asesoraban Juntas, expertas en materias específicas (hacienda, guerra) o la Audiencia con la cual constituía el Real acuerdo. Como gobernador era la cabeza de la adm. territorial con poderes sobre el nombramiento de cargos, el fomento de la colonización, el reparto de encomiendas, las obras públicas y la fundación de escuelas y universidades. Era también presidente de la Audiencia, ejerciendo la firma de sentencias. Inspeccionaba todo el sist. econó. Finalmente, era la cabeza del Patronato de Indias, estableciendo el control sobre la Iglesia en Indias. Era el representante directo y sup. del monarca y para dicho cargo, éstos nombraban a hombres de su confianza que hasta el S. XVIII pertenecían a la alta nobleza y a partir de entonces también se incorporó a burócratas.
Los 2 virreinatos 1os. fueron los de Nueva España en Méjico, la antigua Tenochtitlán y Perú, con capital en Lima. Ya en el S. XVIII la paulatina extensión territorial de los colonos hizo imposible el control virreinal sobre toda Sudamérica. Por ello se creó el virreinato de Nueva Granada (1717) en Santa Fe de Bogotá y en el último cuarto del S. XVIII el del Río de la Plata con capital en Buenos Aires.
Las grandes atribuciones puestas en manos de los virreyes les confería a éstos unos poderes que era necesario tener controlados. Tan amplios poderes se hallaban frenados en la práctica por la duración limitada del cargo (15, 6 ó 3 años) y por la obligación de rendir cuentas de su labor de gobierno en un “juicio de residencia” (obligatorio para todos los funcionarios). Junto con el nombramiento, el virrey recibía una Instrucción que le servía de guía y al terminar su mandato redactaba una Memoria o resumen del mismo. Con el juicio de residencia, el juez abría 2 sumarios, uno público y el 2º secreto, tomando declaración a todos aquellos que tenían algún agravio que presentar contra la autoridad fiscalizada. Una modalidad de este sist. de control fue la visita, juicio de residencia en plena gestión de la autoridad, motivado por algunas denuncias graves. El visitador suspendía el desempeño del cargo mientras durara el juicio. Los inconvenientes de las visitas fueron mayores que los juicios de residencia.
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===== //Audiencias y gobernaciones////.-////// =====
La 2ª división territorial de la adm. indiana correspondía a las Audiencias que eran instituciones jurídicas de carácter colegiado con facultad gubernativa, disfrutando la prerrogativa de gobierno administrador. Las gobernaciones fueron unidades provinciales de adm. centralizada, integradas en el virreinato. Aunque hubo gobernaciones prácticamente autónomas como Nueva Granada, Venezuela, Guatemala, Río de la Plata.
La creación del cargo de gobernador, usualmente unido al de capitán general, tuvo su origen en los momentos mismos del descubrimiento y conquista, y así lo ostentaron Colón, Balboa, Cortés, Pizarro y otros. Tenían el derecho de disponer de las tierras y los nativos. Como la gobernación se había revelado una institución muy adecuada para la adm. y defensa de las zonas fronterizas, las autoridades las mantuvieron, pero fueron gradualmente burocratizándolas. Al tiempo la política de los reyes, temerosos de la constitución de un nuevo feudalismo indiano, tendía a recortar el período del cargo, antes vitalicio.
El cargo de gobernador era designado directamente por el rey a propuesta del Consejo de Indias por un período de 3 a 8 años. Le estaba encomendada la adm. del territorio, el reparto de tierras y la encomienda de indios, la capacidad judicial de 1ª instancia, la capitanía general del ejército y la designación de autoridades menores (tenientes de gobernador, alcaldes mayores y comendadores). En zonas rurales se nombraban corregidores de indios, quienes en Méjico y Perú estaban destinados al gobierno de comarcas y población. nativas.El origen de las Audiencias es dual. Herederas de las castellanas y también como órgano de gobierno creado en el 1er. momento de la colonización. Inicialmente estuvo integrada exclusivamente por letrados, sus funciones eran las mismas señaladas para los virreyes, con excepción de la representación real y poder apelar ante la corona sus disposiciones. El sist. colegiado no dio buenos resultados, siendo común el enfrentamiento entre miembros de la Audiencia, lo que ocasionó que los presidentes de las Audiencias fueran conformándose como órgano supremo rector de la Audiencia. De este modo se llegó al nombramiento de presidentes gobernadores. Sus funciones, durante el mandato de 8 años eran equiparables a las del virrey en su respectivo territorio. Durante los 3 siglos del imperio español se crearon las siguientes Audiencias: Virreinado de Nueva España y Virreinado de Perú.
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===== //Los cabildos (o municipios)////.-////// =====
Dentro del esquema institucional de las Indias, el Cabildo fue el órgano representativo del municipio o comunidad de vecinos, a pesar de que la representatividad no era auténticamente popular. Estaba constituido por alcaldes ordinarios y regidores. Sus funciones eran las de redactar las ordenanzas municipales y dirigir la políticas de abastos, obras públicas y reparto de tierras.
El régimen municipal indiano fue una transposición del castellano. Al existir una gran distancia entre las ciudades, éstas fueron en realidad el núcleo organizativo de la colonización y los cabildos su 1er. adminis. El cabildo estaba compuesto por 1 ó 2 alcaldes y un nº variable de concejales o regidores. Sus funciones eran la fiscalización de los presupuestos y las rentas municipales, la consecución de un sist. de abastecimiento de víveres adecuado, la persecución de la delincuencia y la adm. de justicia. Los cargos de los cabildos fueron electivos y anuales.
Se creó el cargo de corregidor, quien presidía el concejo y podía perseguir la parcialidad de los regidores. Con el tiempo y sobre todo en los mayores municipios creció el nº de funcionarios con trabajos específicos, como el de escribano, el procurador general (representante de los vecinos), el alguacil mayor (jefe de policía), el alférez real (pregonero y abanderado municipal), el receptor de penas (recaudador de tasas y multas), el fiel ejecutor (inspector del comercio municipal) y el alcalde de la hermandad (jefe de policía para zonas rurales).
Una modalidad puesta en práctica para los momentos trascendentales fue la de los cabildos abiertos. Pero la mayor peculiaridad municipal americana fueron los cabildos de indios que contaban con autonomía frente a los órganos coloniales. Su origen fueron los diversos sist. de evangelización que buscaban una mejor cristianización y occidentalización de las población. indígenas mediante la concentración en lugares determinados, gobernándose al modo castellano. Las reducciones peruanas y las agregaciones novohispanas estaban integradas exclusivamente por indios, teniendo prohibida su permanencia en estos poblaciónlados los blancos, negros y mestizos. La composición de sus cabildos fue semejante a la de los hispanos. También en las grandes ciudades, necesariamente de población. mixta, la población. nativa constituyó su propio municipio independiente.
El cabildo no fue sólo una institución para el gobierno local, sino el único medio legal que la población. americana tenía para influir en la legislación emanada de la Península.