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make oldconfig
Si hemos bajado las fuentes de una versión más nueva del kernel que la que tenemos instalada, al ejecutar este comando se nos harán preguntas sobre si queremos incoporar las nuevas funciones que el nuevo kernel trae con respecto al anterior. Recordad lo dicho antes sobre la programación minimalista en el kernel, si no se van a utilizar no las incluyais(si no estais seguros hacedlo y consultad la ayuda después en el menu para decidir si incluirlas o no).
make menuconfig
Con este comando accederemos a un menu basado en ncurses(unas librerías) para configurar como deben de ser incluídas las funciones que trae nuestro kernel(o que hemos elegido añadir con el comando anterior). Aquí podeis ver una imagen del menuconfig de un kernel 2.4

No vamos a explicar aquí los diferentes apartados para configurar el kernel porque necesitaríamos un artículo para cada uno, sólo decir que cuando veamos una característica precedida de corchetes ([]), es que se puede compilar empotrándolo en el kernel([*]) o como módulo cargable bajo demanda([M]). Si pulsamos la tecla ? en alguna carácterística nos aparecerá una breve descripción de ésta que puede ser muy útil para saber si es necesario en caso de duda. Tenemos que configurar el soporte para nuestro hardware en Device Drivers, por lo tanto es muy útil saberlo de antemano, Para ellos, nos podemos valer de la salida de lspci o de lo que podamos ver con dmesgpara ver dispositivos pci o podemos apuntar el hardware si tenemos Windows antes de configurar. Otra cosa imprescindible a configurar es la sección File Systems. Tened en cuenta que lo que configureis como módulo deberá ser cargado luego antes de utilizarlo, bien añadiéndolo en el archivo que indica que módulos se deben cargar en el inicio o con modprobe. Una vez configurado nuestro kernel, grabamos la configuración y pasamos a la generación de los binarios.
make dep
Este comando sólo es aplicable a kernel 2.4.x o más antiguos y construye los archivos de dependencias para los módulos que el kernel necesita para cargarlos. Si nos da un error aquí deberemos resoverlas antes de continuar. Por ejemplo, alguna vez os puede dar algún error al incluir un dispositivo dummy como módulo, en ese caso quitadlo ya que no es necesario para el funcionamiento del kernel.
make bzImage
Construye el binario a partir de las fuentes de nuestro kernel configuradas y será lo que luego cargue nuestro gestor de arranque para iniciar nuestro sistema operativo.
make modules
Este comando construye los módulos que hemos seleccionado como tales en el sistema al configurar nuestro kernel.
make modules_install
Instala los módulos compilados, típicamente en una ruta dentro de /lib/modules
La secuencia de compilación del kernel ha variado con las nuevas versiones 2.6.x, quedando así
Ej para kernels 2.4.x:
Ej:
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