También la Iglesia sentía la fuerza del nuevo Estado borbónico y si bien no se cuestionaba su autoridad en cuestiones de fe y de moral, tuvo que aportar mayor cantidad de recursos y tomar postura en el conflicto cada vez más intenso entre la corona y el papado sobre jurisdicción, rentas y nombramientos. La afirmación de los derechos de la corona sobre la Iglesia y la adopción de una clara posición “regalista” en España contra el papado se debieron a una serie de facts. que hicieron que la política de Felipe V fuera más allá que la de los Austrias. La Guerra de Sucesión fue una causa de conflicto: el papa Clemente XI, presionado por Austria y nada favorable a los Borbones, reconoció al archiduque como rey de España en 1709, y la respuesta de Felipe V fue la ruptura de relaciones diplomáticas con Roma y la expulsión del nuncio. La victoria de Felipe en España demostró al papado que había cometido un error de cálculo político y finalmente se restablecieron las relaciones. Pero la tensión política creció de nuevo en el período de posguerra cuando la agresiva política italiana de Isabel Farnesio amenazó los intereses papales.
El regalismo borbónico, expresado por 1ª vez por Felipe V, adoptó una posición más avanzada y reclamó autoridad sobre todas las instituciones eclesiásticas de España, incluida la Inquisición, autoridad basada en precedentes históricos y derechos legales. Felipe V pretendía que se le reconociera el derecho de nombrar los cargos eclesiásticos en España, 2/3 partes de los cuales estaban en manos del papa. Quería también las rentas de las sedes vacantes y las sumas que cobraban los tribunales eclesiásticos. Se pidió a Melchor de Macanaz que redactara un documento sobre los puntos en discusión entre la Iglesia y el Estado. En sus proposiciones (19-12-1713) adoptó una posición totalmente regalista, situando el poder real por encima del de la Iglesia en cuanto a la jurisdicción e insistiendo en que el soberano tenía poder sobre los asuntos temporales en su propio reino. Según Macanaz, el papado no debía tener derecho a recaudar tributos en España y no debían producirse apelaciones a Roma excepto a través del gobierno español; los tribunales eclesiásticos tenían que ser privados de su poder temporal; sólo a la corona le correspondía el derecho de nombrar a los obispos; el Estado tenía derecho a imponer a la Iglesia tantos impuestos como lo considerara necesario; las órdenes religiosas tenían que disminuir en nº bajo el cardenal Jiménez. El rey aprobó y protegió a Macanaz contra los ataques de la Inquisición y de otras fuerzas tradicionales hasta la caída del gobierno de Orry en 1715, cuando perdió su puesto.
El informe Macanaz insinuaba que la Iglesia española necesitaba ser reformada. Esta era tambiçén la opinión de Roma y en el decenio de 1720 habría sido posible que los papistas y regalistas colaboraran en la revisión de las instituciones clericales, en la investigación de las órdenes religiosas y en la mejora general de la disciplina eclesiástica. Pero la iniciativa fracasó, porque la corona no estaba realmente interesada en la reforma, sino tan sólo en su poder sobre la Iglesia. Ni la Iglesia ni el Estado cuestionaban la situación de la religión. El rey pretendía nombrar una mayoría de los cargos en virtud de su patronato real, como en América, y obtener los máximos ingresos posibles de la Iglesia. Estos eran sus objetivos en la negociación del Concordato de 1737, en el que monarca y el papa acordaron que el rey tenía derecho a proveer cargos y sedes vacantes y a hacerse con las rentas de las sedes vacantes que antes había recibido el papa, que las propiedades de la Iglesia no estarían ya exentas de impuestos y que había que tomar medidas para la reforma del clero y el control de su nº.
La reacción del clero ante la política del 1er. Borbón fue ambigua. En general apoyó la sucesión borbónica, pero adoptó una actitud crítica ante gobiernos concretos y políticas específicas. El regalismo fue un factor de división. Una gran parte del alto clero era tan regalista como los servidores seculares de la corona, pero con frecuencia el regalismo se asociaba con ataques a los privilegios eclesiásticos, especialmente contra los fueros a los que tanta imp. concedía el bajo clero. En cuanto a la posición econó. del clero, creían que estaba constantemente amenazada por medidas tales como el concordato de 1737, porque la concesión de recursos financieros al monarca por el papa sólo podía realizarse a expensas de la Iglesia y de sus sacerdotes. Para una gran parte del clero, la política eclesiástica de Felipe V era simplemente un aspecto de su política financiera.
