Fue en la era mesozoica donde los reptiles alcanzaron su máximo esplendor, extendiéndose por el medio terrestre, acuático e incluso aéreo, con formas muy diversas y teniendo todos los tamaños. Los primeros reptiles surgieron a finales del Carboníferos (300 m.a.) a partir de un grupo de anfibios paleozoicos; este tronco de primitivos reptiles, los Cotilosaurios, semejantes a aligatores, dio origen, en una espectacular radiación evolutiva a los demás reptiles durante el Pérmico y sobre todo a lo largo de toda la era mesozoica. A finales del Cretácico, y como consecuencia del impacto del asteroide antes mencionado, la mayor parte de las formas reptilianas, en especial las de mayor tamaño, se extinguieron, y en la era cenozoica solo existen formas, generalmente de mediano y pequeño tamaño, tales como los cocodrilos, las tortugas, los lagartos y las serpientes. Los reptiles son animales que ya están mejor adaptados al medio terrestre que los anfibios. Sus pulmones ya son más grandes y autosuficientes, por lo que no es necesaria la respiración cutánea y por lo tanto, la piel está debidamente impermeabilizada y cubierta por escamas, escudos o placas a modo de coraza defensiva, en este último caso. Y lo que es más importante, con los reptiles se inventó el llamado huevo amniótico (las aves y mamíferos posteriores también lo presentan): los cigotos fecundados o huevos (las mayor parte de los reptiles son ovíparos) están ya adaptados a estar en un medio terrestre pues el embrión que se desarrolla dentro, está protegido por una envoltura, el amnios, que en su interior tiene un líquido salino, el líquido amniótico, que rodea al embrión y de esta manera, éste no se deseca; además el huevo está protegido por una cáscara dura, protectora pero transpirable. El nombre de reptil alude a que estos animales reptan por el suelo al caminar, es decir arrastran el vientre, ya que las extremidades, que salen lateralmente del cuerpo, no pueden levantar éste del sustrato; solamente los actuales cocodrilos pueden hacerlo en determinadas circunstancias; en el pasado, en cambio, hubo reptiles que si podían levantar el cuerpo, ya que sus extremidades podían situarse verticalmente debajo del cuerpo; esta innovación en la locomoción (ambulación, en lugar de reptación) surgió en los reptiles mamiferoides del Pérmico, en muchos grupos de dinosaurios y actualmente la conservan las aves y los mamíferos. Los reptiles actuales son poiquilotermos o de sangre fría, a diferencia de las aves y mamíferos que son homeotermos o de sangre caliente. Los primeros no son capaces de mantener una temperatura constante en su interior y los segundos si; por lo tanto, aves y mamíferos son más independientes de las oscilaciones térmicas del ambiente; pero la homeotermia requiere un mayor gasto metabólico del organismo y por lo tanto un mayor y más constante aporte alimenticio; tienen un metabolismo más acelerado y por lo general, son más activos. En el pasado, algunos reptiles, si alcanzaron la homeotermia, como determinados grupos de dinosaurios, si no todos, los pterosaurios y los reptiles mamiferoides. Los reptiles primitivos evolucionaron en dos oleadas: En el Pérmico y parte del Triásico dominan los Terápsidos y en el mesozoico dominan los Saurópsidos que incluyen a los Dinosaurios. Los Terápsidos fueron los "reptiles parecidos a mamíferos". Vivieron durante el Pérmico-Triásico y de ellos surgieron los mamíferos a comienzos del Triásico. Se les llama también Ambulátiles porque ambulaban, como ya indiqué antes. Estos reptiles progresivamente van adquiriendo caracteres de mamífero. Se diferenciaron en reptiles herbívoros y reptiles carnívoros con varios grupos especializados, algunos de los cuales apenas se diferenciaban de los verdaderos mamíferos mesozoicos. Dentro de los Saurópsidos, dominadores de la era mesozoica, destacaré los grupos más representativos: Los Plesiosaurios, fueron reptiles marinos, con las cuatro extremidades transformadas en aletas dispuestas para la natación. Tenían un cuello y cola largas, cabeza pequeña y cuerpo robusto. Alcanzaron hasta 15 m. de longitud. Eran carnívoros alimentándose de peces. Se extinguieron a fines del Cretácico. Los Ictiosaurios, fueron reptiles con una adaptación a la vida marina muy acusada, teniendo el aspecto de un pez, o más bien de un delfín; tenían una aleta dorsal, una caudal y extremidades transformadas en aletas. Vivieron en el mar libre y eran ovovivíparos. También se alimentaban de peces y se extinguieron en el Cretácico. Los Pterosaurios, fueron reptiles voladores, que tenían alas membranosas sostenidas por un solo dedo en las extremidades anteriores. Los más antiguos proceden de mediados del Triásico y tenían una larga cola. Más modernos fueron los Pterodáctilos, sin cola y con enormes mandíbulas con dientes. En el Cretácico, los Pteranodontes, tenían pico corneo, una cresta occipital y enormes alas de hasta 10 m. de envergadura. Tenían el cuerpo cubierto de una especie de escamas parecidas a pelos y eran homeotermos. Vivían formando grandes colonias en los acantilados costeros y probablemente se alimentaban de peces que capturaban al vuelo. Se extinguieron a fines del Cretácico, quizá al no poder competir con las aves. Los Dinosaurios, fueron los reptiles más representativos del mesozoico y los dominantes. Eran esencialmente continentales, pero muchos de ellos habitaban los ríos, las lagunas y las regiones pantanosas. Presentaban una tendencia general al bipedismo, es decir a caminar erguidos sobre las extremidades posteriores, lo cual tiene como consecuencia el desarrollo preferente de la cintura pelviana y de la parte posterior del cuerpo, aunque caminaran apoyados en las 4 extremidades. Se cree que muchos de ellos, si no todos, debieron alcanzar la homeotermia, al igual que los mamíferos y las aves. Además, determinados grupos cuidaban a las crías, incubando los huevos, que ponían en nidos y alimentaban a los recién nacidos. Otros, pertenecientes a dinosaurios vegetarianos eran sociales y viajaban en manadas. Surgieron en el Triásico, siendo abundantes en el Jurásico y Cretácico, y a finales de este periodo se extinguieron.Ejemplos característicos fueron: Los Saurópodos, los más corpulentos, llegando a alcanzar hasta 30 m. de longitud y un peso de 30 Tm. Tenían largos cuellos y colas y cabeza pequeñas junto a cuerpos grandes y caminaban a cuatro patas. Eran fitófagos y muchos vivían en regiones pantanosas, como los braquisaurios y brontosuirios.Los Terópodos, eran carnívoros, depredadores, bípedos, con las patas anteriores reducidas y provistas de fuertes garras. Tenían una dentición formidable. Algunos eran muy corpulentos como el alosaurio y el tiranosaurio del Cretácico, que alcanzaron 7 m. de alto, erguidos. Otros fueron más gráciles y atacaban en manadas, como el Velocirraptor. De algunos de éstos Terópodos gráciles y ligeros se cree surgieron las aves.Los Ornitópodos fueron fitófagos (como todos los grupos de Dinosaurios salvo los Terópodos). Eran bípedos, a veces muy corpulentos, como el iguanodonte, de 5 m. de alto; otros estaban adaptados a la vida acuática de los ríos como los hadrosaurios o dinosaurios de "pico de pato", algunos de los cuales tenían curiosas prominencias en la cabeza como el Parasaurolophus, con una especie de cuerno hueco que le salía de la nariz, con funciones sonoras.Los Estegosaurios, tenían el cuerpo protegido por grandes placas dorsales y espinas, cabeza muy pequeña y cola muy robusta, erizada de espinas, de función defensiva. Eran cuadrúpedos y corpulentos.Los Ceratópsidos fueron los dinosaurios cornudos. Tenían una expansión ósea occipital y fuertes cuernos nasales y frontales, como los rinocerontes; eran terrestres y tenían las cuatro patas provistas de pezuñas. Ej: Triceratops.Los Anquilosaurios, tenían el cuerpo protegido por una auténtica coraza dorsal, y la cola muy robusta, terminada en maza.
