A medida que aumentaba el interés por Emacs, otros vinieron a sumarse al proyecto GNU, y decidimos que era el momento de volver a buscar fuentes de financiación. De este modo, en 1985 creamos la Free Software Foundation, una organización sin ánimo de lucro dedicada al desarrollo de software libre. La FSF también se hizo con la empresa de distribución de copias de Emacs, a lo que más tarde añadiría otros programas libres—no sólo de GNU— así como la venta de manuales libres.
La FSF acepta donaciones, pero la mayor parte de sus ingresos siempre procedió de las ventas —de copias de software libre y de otros servicios relacionados con éste. En la actualidad, vende CD-Rom de códigos fuente, CD-Rom con los binarios, manuales cuidadosamente impresos —con total libertad para redistribuirlos y modificarlos— y Deluxe Distributions —colecciones enteras de software adaptadas a la plataforma de elección del cliente.
Los empleados de la Free Software Foundation han escrito y se han encargado del mantenimiento de una serie de paquetes de software de GNU. Dos ejemplos notables son la librería C y la shell. Todos los programas ejecutados en un sistema GNU/Linux utilizan la librería C de GNU para comunicarse con Linux. Fue desarrollada por un miembro de la plantilla de la Free Software Foundation, Roland McGrath. La shell utilizada en la mayoría de los sistemas GNU/Linux se llama BASH —acrónimo de Bourne Again Shell—, desarrollada por otro empleado de la FSF, Brian Fox.
Financiamos el desarrollo de estos programas porque el proyecto GNU no se reducía exclusivamente a las herramientas o al entorno de desarrollo. Nuestra meta era un sistema operativo completo, y estos programas eran necesarios para alcanzar nuestro objetivo.
Con el nombre de «Bourne again Shell» pretendíamos mofarnos de la «Bourne Shell», la shell más común en Unix.