La amenaza más seria a la que nos enfrentamos procede de las patentes de software, que pueden introducir algoritmos y funciones fuera del alcance del software libre al menos durante veinte años. Las patentes del algoritmo de compresión LZW se aplicaron en 1983, y todavía no podemos publicar software libre que produzca GIFs adecuadamente comprimidos. En 1998, se suspendió la distribución de un programa libre para producir archivos de audio MP3 comprimidos bajo amenaza de una demanda judicial por patente.
Existen formas de abordar la cuestión de las patentes: buscar pruebas que demuestren la invalidez de una patente o buscar modos alternativos para realizar una tarea. Pero estos métodos funcionan sólo de vez en cuando; cuando fallan ambos, la patente puede resultar en un software libre desprovisto de alguna función necesaria para los usuarios. ¿Qué haremos entonces?
Quienes valoramos el software libre por la libertad que éste entraña seguiremos en la misma línea. Lograremos sacar adelante el trabajo sin funciones patentadas. Pero quienes valoran el software libre porque esperan que sea técnicamente superior se inclinarán por calificarlo de fracaso cuando este software se vea restringido por una patente. De modo que, a pesar de que resulta muy útil discutir la efectividad práctica del modelo de desarrollo de tipo «catedral» y la fiabilidad y potencia de ciertos programas de software libre, debemos ir más allá. Debemos hablar de libertad y de principios.