Sí. Debes asegurarte de que la partición raiz esta por debajo del cilindro 1024, para que el BIOS pueda arrancar el kernel desde ella. (Ésta es una limitación del BIOS de los PCs, no de FreeBSD).
Para discos SCSI, esto implica que la partición raíz debe estar instalada en los primeros 1024MB (o en los primeros 4096MB si la translación extendida esta activada). Para discos IDE, la partición raíz debe estar en los primeros 504MB.