Esbozadas las características principales del formato MARC21, se tratarán a continuación aquellas cuestiones en que éste e ISIS no son compatibles. Para ello, no sólo se utilizarán las experiencias personales, sino también la de otros autores que han trabajado con estos recursos.
Primero, MARC21 presenta designadores de contenido que contienen campos repetitivos con subcampos, que a la vez, son repetitivos. Las herramientas de ISIS actuales permiten la entrada de este tipo de datos, pero no su recuperación, con excepción del OpenISIS; por ello debió elaborarse una metodología para la introducción de los datos en CLABEL-WXIS, tratando, en todo momento, que fuera lo más fiel posible a MARC21.
No se utilizaron los indicadores de campos, porque las herramientas actuales de ISIS no tienen definición en su estructura, aunque pudieran definirse utilizando el lenguaje de formateo.
Es oportuno destacar que, tanto la recuperación de subcampos repetitivos como la existencia de los indicadores, es un problema de las herramientas y no del formato ISIS.
Tampoco se empleó la información que MARC 21 propone colocar al inicio de cada registro, ella es una de las incompatibilidades entre el formato MARC y el ISIS, que sólo puede resolverse obviándola o creando un campo 9XX (MARC reserva este grupo para la creación de campos que él no defina y se entienda que es necesaria su creación). Sin embargo, en ambos casos el sistema se saldría del formato y esto no se puede resolver con una nueva herramienta.