Al igual que para los componentes bióticos, podría ser importante establecer algunos efectos biológicos asociados con la toxicidad de los contaminantes críticos. Los condicionantes que se apuntaron para los organismos de la biota se aplican por igual a los estudios en humanos. Reiteramos sin embargo, la necesidad de incluir a factores confundentes. Pocos efectos biológicos son específicos y el análisis de los confusores es útil para reducir la incertidumbre de la inespecificidad.
Los efectos biológicos que pueden ser evaluados potencialmente son muchos (actividades enzimáticas alteradas, daño al ADN, expresión de alguna proteína, enzimas que reflejen daños tisulares, etc.). Por lo tanto, aquellos efectos que sean seleccionados para el estudio, deberán contar con antecedentes científicos de estar asociados con la exposición al contaminante presente en el sitio. Es muy importante que el trabajo incluya el análisis de una población control, apareada con la población del sitio contaminado en cuanto a los confusores, pero sin la exposición al contaminante.