Los papas con los que tuvo que relacionarse el monarca español consideraban que Felipe II, al igual que sus antecesores, utilizaba su prestigio como soberano católico para alcanzar objetivos fundamentalmente políticos. No se puede negar que Sixto V sentía una profunda y personal aversión hacia España y una pobre consideración de su monarca, pero estas opiniones no fueron exclusivas de un solo pontífice. Estallaron conflictos entre Felipe II y prácticamente todos los papas con los que se relacionó, lo que hace imposible explicar esos conflictos por motivos personales e induce a pensar en la existencia de una causa + profunda y permanente. El protestantismo poco tenía que temer de la cooperación entre España y Roma. Entre ambos poderes era + frecuente el enfrentamiento que la cooperación, y aquél se centraba en 2 aspectos principales: la jurisdicción eclesiástica y la política exterior.
En el S. XVI, el dominio de la Iglesia por parte de la corona era, con toda probabilidad, mayor en España que en ninguna otra parte de Europa, incluidos países protestantes con un sist. de corte erastiano. Desde el reinado de Fernando e Isabel, la Iglesia española fue reformada con la participación activa de la corona, que consiguió suspender la plasmación práctica de la supremacía papal. Una de las razones que impulsó a la corona a conseguir el derecho de proveer los obispados y abadías era la de protegerse de los abusos del papado, cuyo nepotismo en España era palmario. Ese derecho, por el que luchó la corona desde 1479, fue finalmente conseguido por Carlos V en 1523, cuando su antiguo tutor, Adriano VI, le concedió a perpetuidad el derecho de nombramiento de los obispos. Felipe II disponía de unos beneficios eclesiásticos cuyas rentas suponían enormes cantidades de dinero y ejercía un dominio absoluto sobre el clero, que no se preocupaba de Roma sino de la corona. Los nombramientos eran precedidos de acuerdos financieros, en virtud de los cuales los agraciados con la designación se comprometían a pagar a la corona un porcentaje de sus rentas.
Apoyándose en el argumento de que el rey era el protector de sus súbditos, incluido el clero, y que aquéllos tenían derecho de apelar ante él, mientras que Roma estaba demasiado distante, la corona controlaba los tribunales eclesiásticos a través del Consejo de Castilla, que se consideraba a sí mismo como un tribunal eclesiástico de apelación y, con el apoyo de la jerarquía española, se opuso en todo momento a las apelaciones a Roma. Para el papado, este proceder era contrario a los decretos del Concilio de Trento y se quejó de ello. Sin embargo, mediante un decreto del 27-10-1572, el Consejo de Castilla declaró nulos y sin valor los breves papales que citaban a españoles ante tribunales extranjeros en los procesos eclesiásticos. Esto impedía a los tribunales eclesiásticos de Roma ejercer jurisdicción alguna en España.
Para conservar y ampliar sus prerrogativas eclesiásticas Felipe II libró una lucha implacable con el papado, factor permanente en sus relaciones políticas. No obstante, el clero español se encontraba en un dilema. Si bien debía sus nombramientos a la corona, no podía, o no quería, contradecir al papa. En este contexto no le preocupaban tanto los principios como las dificultades prácticas que podía acarrearle a Felipe II su comportamiento. Como inquisidor general, el cardenal Quiroga tuvo buen cuidado de consultar tanto al papado como a la corona todas las cuestiones referentes a los derechos jurisdiccionales. Si Felipe II desafiaba la autoridad de Roma podía perjudicar su propia autoridad al romper la unidad católica y debilitar la autoridad cristiana tradicional a los ojos de sus súbditos. El papa podía ser extremadamente útil para España, sobre todo en tiempo de guerra, para conseguir, con su influencia religiosa, que la opinión pública mostrara su adhesión a la política del gobierno.
El monarca español necesitaba el apoyo material y moral del pontífice, pues los intereses financieros de la corona estaban ligados a los del papado. En su condición de cabeza suprema de la Iglesia el papa disponía indirectamente de rentas eclesiásticas sin las cuales Felipe II se habría visto sin recursos en muchas de sus empresas. Por esa razón, aunque sus embajadores amenazaran ocasionalmente al papa con el cisma, el papado era demasiado imp. como para que Felipe II pudiera prescindir de él.
Después de su desastrosa experiencia con el pontífice Pablo IV, violentamente antiespañol, con quien estuvo en guerra durante los 2 1os. años de su reinado, Felipe II influyó de forma decisiva en el cónclave de 1559, en el que sus esfuerzos parecieron verse recompensados con la elección de Pío IV, cuya actitud, especialmente en los asuntos financieros, fue complaciente en un principio. Sin embargo, Felipe II forzó en demasía esa amistad y en 2 asuntos destacados chocó con el papado por una cuestión de principio, los decretos del Concilio de Trento y el caso del arzobispo Carranza. El rey y sus representantes no tardaron en descubrir que les iba a resultar aún + difícil intimidar a Pío V, para quien la suprema autoridad de la Iglesia debía de ser real y no simplemente nominal. No estaba dispuesto a ceder a las presiones españolas y, especialmente, a reconocer la jurisdicción de la corona sobre el clero. Al principio se negó a conceder el subsidio y la cruzada. Entre otras cosas, le escandalizaba la forma en que se predicaba y comercializaba la 2ª. Sin embargo, el punto en el que Pío V hizo gala de una mayor firmeza fue en la decisión de trasladar a Roma el caso Carranza. El papa exigía que Carranza fuera juzgado en Roma, mientras que la Inquisición española, apoyada por el monarca, se negaba a entregarlo. Requesens comunicó al pontífice que el rey consideraba que no podía garantizar la preservación de la religión en sus dominios sin defender a la Inquisición en cualquier circunstancia. Pero había otro aspecto en juego, y Pío V puso el dedo en la llaga cuando observó que Felipe II deseaba prolongar el proceso eternamente porque entretanto disfrutaba de las imps. rentas de la sede toledana. Finalmente, Felipe II cedió y, tras permanecer en la cárcel de Valladolid + de 7 años, Carranza partió hacia Roma en dic. de 1566. Todo se hizo de tal forma que la Inquisición española consiguió no salir malparada, pues el papa permitió que Felipe II enviara tantos inquisidores como deseara al tribunal de Roma. Por otra parte, la táctica del gobierno y la Inquisición españoles provocó interminables retrasos, de manera que sólo 9 años + tarde y después de que 3 papas sucesivos se ocuparan del caso se alcanzó una decisión en Roma. Carranza fue, declarado inocente del cargo de herejía, y se le condenó a 5 años de reclusión, durante los cuales no podría ejercer sus funciones como arzobispo. Carranza murió 2 meses después de que se pronunciara la sentencia.
Mientras tanto, aunque continuaba el conflicto sobre la jurisdicción, Pío V no podía permanecer alejado de España. Su ardiente deseo de organizar una liga cristiana contra los turcos lo obligó a buscar una alianza con Felipe II, cuyo resultado fue la org. de la liga santa y la destrucción de la flota turca en Lepanto en oct. de 1571. Después de Lepanto, España, no menos que Venecia, comenzó a retirarse de la alianza y, a pesar de las presiones papales, Felipe II inició una política de repliegue con respecto al Turco. No hubo, pues, una cruzada en el Mediterráneo.