La posibilidad de adoptar posturas políticas divergentes se había manifestado también en los P. Bajos, aunque en último extremo el análisis del papa y de España coincidían. Para Felipe II la unidad religiosa era la condición indispensable para la unidad política y, en consecuencia, no estaba dispuesto en modo alguno a tolerar la herejía. Roma, ante la imposibilidad de actuar por sí sola, consideraba que la única esperanza para el catolicismo en los P. Bajos residía en el éxito de la causa española. Pasó algún tiempo antes de que avanzaran de la mano la política papal y española en los P. Bajos. En un principio, Felipe II tuvo que enfrentarse al papa, además de a los rebeldes. Desde los 1os. meses de 1566, Pío V instó al monarca español a trasladarse personalmente a los P. Bajos, poniendo de relieve que su presencia allí era la única garantía para la Iglesia. El rey respondía siempre con evasivas.
Había otro aspecto en el que el monarca español tampoco coincidía con el papa. Mientras Pío V deseaba una solución pacífica, un acuerdo negociado, Felipe II estaba llegando a la conclusión de que sería necesario recurrir a la fuerza. Finalmente, convenció al papa de que sólo un ejército podía solucionar el problema. El papa habría preferido que se pusiera el énfasis en su carácter religioso, que fuera calificada como una guerra contra herejes, + que la supresión de una rebelión. Pero el punto de vista español era distinto: tenía que ser una guerra contra unos súbditos rebeldes, e iniciada por razones de Estado. En definitiva, fue éste el punto de vista que se impuso. A los ojos de los españoles, se trataba de una guerra de castigo contra unos súbditos rebeldes que se resistían a su legítimo soberano. El hecho de que Felipe II pretendiera que quedara en un 2º plano el aspecto religioso no significa que no pensara que los motivos religiosos eran de peso.
Donde no aparece ambigüedad alguna es en la actitud de Felipe II respecto a Inglaterra: se negó a alinearse con el papado y actuó guiado por consideraciones políticas y no religiosas. Es perfectamente conocido que durante mucho tiempo rechazó los planes de una agresión católica contra Inglaterra y que intentó proteger a Isabel I de la hostilidad del papado, porque no quería favorecer los intereses de María Estuardo, reina de Escocia y de Francia. Por 2 veces impidió la excomunión de Isabel I, en 1561 y en 1563. Todavía en 1570, cuando finalmente se hizo pública la bula papal de excomunión sin haber consultado al monarca español, prohibió que fuera publicada en sus estados e hizo cuanto estuvo en sus manos por impedir que llegara a Inglaterra. Sin embargo, en 1569 Felipe II contempló la posibilidad de tomar alguna medida contra Inglaterra, pero esto nada tenía que ver con los deseos del papa ni con los objetivos religiosos. Se trataba de dar respuesta a una serie de provocaciones contra barcos españoles y contra el comercio de España. Autorizó a Alba a preparar un ataque armado contra Isabel I, afirmando que el camino de la fuerza parecía ser el único posible. Pero la decisión de actuar tenía que tomarla el duque de Alba, que se consideraba árbitro de la política española en el norte de Europa y que fue lo bastante prudente como para comprender que era una locura intentar una expedición de esa naturaleza. Su postura era que la vía de la negociación sería mucho más fructíferas. En julio el rey instó a Alba a preparar una expedición contra Inglaterra para cooperar en el derrocamiento de Isabel I y su sustitución por María Estuardo, reina de Escocia. Pero una vez + era al duque de Alba a quien correspondía tomar la iniciativa. Alba comunicó al rey que no había que confiar en los conspiradores, y una vez + Felipe II estuvo de acuerdo con esa apreciación. Tras el fracaso de la conspiración de Ridolfi, Felipe II adoptó una actitud de indiferencia respecto al destino de los católicos ingleses. No hubo, pues, cooperación entre Felipe II y Gregorio XIII para una acción contra Inglaterra. La defensa de sus intereses en los P. Bajos, en Portugal y en América eran problemas + acuciantes que la org. de una cruzada contra Isabel I. Cuando finalmente decidió organizar una expedición para invadir Inglaterra, no lo hizo por motivos religiosos, sino por razones de índole política y econ. Su objetivo era golpear en el origen de los ataques ingleses contra España y el imperio.
La elección de Sixto V en abril de 1585 fue un revés para las aspiraciones de Felipe II. En un principio, Sixto V, impulsado por su desconfianza respecto a Felipe II y el poder español, se manifestó partidario de una actitud pacífica ante Isabel I. Después de la ejecución de María Estuardo, el propio papa puso fin a ese engaño pero nunca dejó de admirar a Isabel I. Sin embargo, el papa no podía oponerse a la expedición de Felipe II contra Inglaterra. Así pues, aunque lamentó que fuera necesario poner en pie de guerra la Armada Invencible y deploró la lentitud española, prestó su apoyo econó. y moral en el tratado de julio de 1587. En el aspecto jurisdiccional, el enfrentamiento entre el papa y el monarca continuó con su habitual crudeza y una serie de disputas menores sobre títulos, primacía, protocolo y jurisdicción se convirtieron en problemas graves. Felipe II interrumpió su correspondencia con el papa y sólo se comunicaba con él a través de su embajador. Tras la derrota de la Invencible fue + difícil aún convencer a Sixto V para que satisficiera el subsidio. Según los términos del tratado, el papa debía al monarca español un millón de escudos en concepto de subsidios, que el embajador reclamaba ahora. El papa se negó a pagar afirmando que las cláusulas del tratado no justificaban ese pago, que sólo debía realizar en el supuesto de que se produjera un desembarco en Inglaterra. De hecho, el fracaso de la Invencible destruyó por completo las ya frías relaciones entre los 2 aliados. Sixto V, profundamente irritado, comenzó a poner en duda el poder y la capacidad de Felipe II, y a reprocharse haber desperdiciado su tiempo y su dinero. Sin embargo, fue algo + que la simple falta de fe lo que llevó a Sixto V a adoptar reservas con respecto a su aliado. El problema francés, a propósito del cual se produjo el último enfrentamiento entre Felipe II y el papado, arruinó por completo sus relaciones e hizo que afloraran de la forma + patente sus discrepancias políticas y religiosas.
En sept. de 1585 se declaró herejes a Enrique de Navarra y a Enrique de Borbón y se los incapacitó para ocupar el trono de Francia. Sixto V no tardó en lamentar esa equivocación, y comenzó a favorecer una política conciliadora con Enrique de Navarra, con la esperanza de conseguir su conversión. Para el monarca español el problema esencial era el de la sucesión, que sin embargo era secundario a los ojos de Sixto V. A los ojos del papado, Enrique de Navarra sólo tenía que retornar al seno de la Iglesia para alcanzar la condición de elegible al trono de Francia. Felipe II previó esta posibilidad y afirmó que su conversión sería fingida, por lo que se negaba a aprobar bajo cualquier pretexto la candidatura de Enrique de Navarra. En consecuencia, a lo largo de los años 1587-1588 dejó claro en Roma que, si el papa aceptaba la conversión y la candidatura del mencionado Enrique, se opondría y lucharía con todas sus fuerzas, aunque ello significara la desmembración de Francia. Sixto V comenzó a favorecer una reconciliación con la monarquía francesa por motivos personales y políticos. La opinión española se sintió ultrajada. Finalmente, Felipe II dio instrucciones a su embajador, Olivares, para que forzara al papa a ratificar las promesas que había hecho en su favor y, en especial, a despedir al duque de Luxemburgo, excomulgar a todos los prelados franceses que apoyaban a Enrique de Navarra y declarar que este último, como hereje reincidente, no podía ser admitido en el seno de la Iglesia y, en consecuencia, estaba incapacitado para ocupar el trono de Francia. El papa hizo patente su oposición a todas esas medidas. Felipe II redobló la presión y envió a otro embajador, con aparente éxito ya que obtuvo la promesa de que Roma nunca reconocería como rey de Francia a quien no contara con la aprobación de Felipe II. El duque de Luxemburgo dejó de ser recibido en audiencia, y el 19-7-1590 se concertó una alianza ofensiva y defensiva entre el pontífice y el embajador español. En esta tesitura, la noticia de la muerte de Sixto V en agosto de 1590 fue recibida con alivio en España, donde existía la convicción de que no podía haber otro papa que mostrara mayor enemistad hacia los españoles. Sin embargo, Clemente VIII ofreció la misma resistencia a plegarse a la política española. En sept. de 1595, el Pontífice, decidido a no enfrentarse con Enrique IV, designado para el trono de Francia tras su conversión al catolicismo, reconoció al monarca que Felipe II consideraba todavía simplemente como el príncipe de Béarn y como un hereje, y con quien se hallaba en guerra desde enero de ese mismo año.
El conflicto entre Felipe II y el papado a propósito de Francia es un perfecto exponente de los problemas fundamentales existentes entre ambos. Felipe II creía tener derecho a decir al papa qué era lo mejor para la Iglesia y, por su parte, el pontífice consideraba que el monarca español confundía los intereses de la Iglesia con los intereses españoles.