El principal obstáculo que enfrentan los micropagos es uno de overhead: ¿Es posible hacer una implementación de este sistema que permita hacer un pago de US$0.01 sin tener un costo asociado muy elevado? Actualmente casi todas las transacciones en internet se realizan con tarjetas de crédito. El costo asociado a hacer una transacción con tarjeta de crédito es muy alto para hacer una transacción de US$0.01. De hecho, la transacción promedio de tarjeta de crédito está alrededor de los US$80.
Otro análisis más de fondo de parte de los detractores de los micropagos apuntan a lo siguiente: no son una buena idea. ¿Por qué? Mientras que los defensores de los micropagos argumentan que éstos encuentran aceptación de parte de el público, dado que la luz, el agua, el gas funcionan con un esquema como el de los micropagos (bajo precio por unidad, cuenta proporcional al consumo), sus detractores hacen un punto muy importante: todos estos exponentes de micropagos en la vida real funcionan como monopolios o carteles. La experiencia nos enseña que los esquemas de cobro se simplifican con el tiempo, y en un mercado competitivo el cobro proporcional al consumo es abandonado porque si no el que ofrezca una tarifa plana dominará el mercado. Un ejemplo de esto fueron los proveedores de servicios de internet. También señalan que si bien muchas empresas han intentado poner en marcha los micropagos, como por ejemplo FirstVirtual, Cybercoin, Millicent, Digicash, Internet Dollar, Pay2See, MicroMint, etc. no han tomado suficiente aceptación entre el público. Los detractores de los micropagos apuntan a esta falta de entusiasmo del público como un mal augurio en el futuro de los micropagos.
La razón de fondo que proponen los detractores de os micropagos es la siguiente: ¡los usuarios los odian! Los micropagos no toman en cuenta las preferencias del usuario. El usuario desea todo lo más simple posible. Los micropagos lo llenan de pequeñas transacciones incomprensibles que producen confusión y ansiedad, emociones que los usuarios no suelen buscar voluntariamente.
El W3C estaba trabajando en un proyecto de Micropayment Markup para incrustar los micropagos dentro de los links, para así minimizar la decisión del usuario. Después de todo, es sólo un centavo. Sin embargo, esta decisión de incrustar el micropago en el link y convertir la decisión de compra en algo automático crea un doble estándar que produce confusión en el usuario: una transacción no puede tener un valor suficientemente alto como para requerir una decisión y suficientemente bajo como para que la decisión sea automática. Se le está pidiendo al cliente que le asigne un valor monetario a algo y al mismo tiempo se le sugiere que dicho valor es cero. Todo pago requiere una comparación, lo cual crea una carga mental no eliminable, dado que la forma de que una transacción se apruebe sin pensar es que no cueste nada, o sea no es una transacción. Entonces, sin importar la interfaz o implementación, los micropagos no pueden alcanzar el objetivo de "hacer que el cliente decida sin crear ningún costo asociado" dado que el costo mental siempre estará presente. Otro punto que juega en contra es la confusión que puede surgir de la desagregación de un producto. ¿Vale El Mercurio $300? Que pasa si ahora lo evaluamos artículo por artículo. ¿Valen $5 cada artículo? ¿Y si no lo leí todo? La agregación logra una meta que los micropagos pierden de vista: la claridad en la asignación de precios.
Otro punto que los partidarios de los micropagos usan es la asiganción óptima de recursos. Sin embargo, los micropagos dejan de lado las preferencias del usuario, que muy a menudo está dispuesto a pagar un poco más o gastar un poco más en recursos baratos por su comodidad, mientras que los micropagos economizan al máximo dichos recursos baratos (disco, ciclos, etc) mientras asumen que el tiempo del usuario es tan abundante como para considerarlo gratuito.
