La campaña de desinformación y de represión, que tenía como objetivo presentar a los estudiantes no perredistas, (en sentido estricto, a la izquierda del movimiento estudiantil)191 como la "ultra" que se enfrentaba a la "ala consecuente" de los "moderados", tuvo repercusiones en el "frente interno" del movimiento. Primero se trató de que los grupos perredistas en contubernio con la derecha y, en algunos casos, con los porros de la UNAM se montaran en el movimiento para desvalijarlo y levantar la huelga con promesas de celebrar "futuros foros". Después, se intento que se aprobaran las distintas propuestas de salida que, con el antecedente de desgaste que representaron los "encuentros" de las Comisiones de la Cámara de Diputados y la posterior de "Encuentro", el CHG rechazó.
Comenzó, entonces, una nueva campaña caracterizada por fracturar desde adentro las asambleas soberanas, con una estrategia dirigida a fisurar al CGH y crear uno paralelo que negociara con las autoridades las demandas y levantara la huelga. Este intento alcanzó su máxima expresión con la pretensión de esas corrientes de crear un CGH paralelo, el mismo día que abandonaron la sesión del CGH el 30 y 31 de agosto (con la salida de varias de estas personas comandadas por personeros del gobierno del DF) y se dirigieron a la Facultad de Sicología controlada por el PRD donde, sin embargo, solamente lograron rubricar un documento avalado por cinco escuelas y por estudiantes de otras a título personal.192
El otro intento, definitivo, y que marcó un punto de inflexión en el movimiento de recambio de moderados a neo-moderados, fue el abandono de 40 miembros del PRD, integrantes de las escuelas de la ENEO, CUEC y Música, del CGH en la sesión plenaria de la ENEP Acatlán de los días 12 y 13 de octubre de 1999.
Esta estrategia involucraba varios escenarios (crisis económica, social y política; el juego por la sucesión presidencial, la campaña labastidista que apoyaba a Barnés, los compromisos del gobierno con el FMI y el Banco Mundial, etc.) y tenía por objetivo desmantelar al CGH, a lo que se agregaba el intento de varios sectores (académicos y estudiantes ligados a la Rectoría) de realizar dudosas "consultas" para fundamentar la "voluntad mayoritaria" que le enviara "señales claras" a Zedillo ya que el presidente el 27 de agosto, por sexta ocasión, se inmiscuyó en el conflicto universitario y le exigió a Barnés que le demostrara que una "mayoría democrática" lo apoyaba dentro de la universidad, para proceder a romper la huelga y desalojar a los huelguistas: "Por tercera ocasión en la semana, el Presidente Ernesto Zedillo retomó el tema del conflicto universitario, aunque ayer en otros términos: "...si la intransigencia prevalece y se rechaza la propuesta de los académicos, el gobierno sólo esperará el mandato democrático de la mayoría universitaria para poner en acción otros medios legítimos del Estado y restaurar el funcionamiento de la Universidad Nacional Autónoma de México".193 Como todo mundo sabe, ocurrió que, efectivamente el 6 de febrero de 2000, esa fue la respuesta "democrática" del gobierno con la intervención de la PFP en la UNAM.
A esa campaña de desprestigio y aislamiento del CGH, se sumaron agrupaciones como el Partido Obrero Socialista (POS) de orientación trotskista que había participado en el BUI y que un articulista de Proceso caracterizó como "pedacería arrepentida", cuando viró hacia los neo-moderados, así como miembros del FZLN empeñados en "demostrar" que ya había "síntomas inequívocos" de "descomposición" y de "desgaste" del movimiento estudiantil. Y hasta realizaron encuestas.
Debido a que el rector decidió no quitarle los candados a la anterior Comisión de Enlace y Negociación aprobada por el CU el 14 de septiembre, creó la Comisión de Contacto e Información el 23 de septiembre (un simple buzón en las palabras de un consejero universitario) para recibir y analizar las propuestas del CGH (nunca se habló de Pliego Petitorio) y presentarlas al pleno del Consejo Universitario, entre otras demandas de otros grupos de la comunidad.
Como se desprende de lo anterior, nuevamente se impuso el autoritarismo, una de las causas que suscitó el conflicto, con una propuesta en doble sentido por parte de las autoridades: a) por un lado, condicionar todo intento de "diálogo y negociación" a la aprobación previa por el CGH de la "propuesta de los eméritos"194 o de variantes como la de las "cinco escuelas" y b), lo anterior siempre y cuando el CGH aceptara formar una "comisión fija", es decir, que fuera posible coptar para negociar con ella el movimiento.195 Además la nueva comisión dejaba de lado las demandas estudiantiles: el CENEVAL, las reformas de 97, el desmantelamiento del aparato represivo de la UNAM y en la incertidumbre el RGP y el Congreso Universitario.