Dentro del movimiento estudiantil coexistieron diversas concepciones y corrientes políticas que se fueron definiendo a lo largo de la huelga y del movimiento. Independientemente de las posiciones ideológico-políticas de las corrientes internas, el eje central que articuló, o desfasó, a las distintas posturas políticas, incluso, hasta contraponerlas - (como desde un principio ocurrió con los grupos del PRD) -, fue su actitud frente a las demandas y a la lucha estudiantil, por la defensa del PP y, en general, por el fortalecimiento o debilitamiento del organismo estudiantil, tanto frente al Estado como frente a la Rectoría y a los partidos políticos.
En principio se pudieron detectar activamente dentro del movimiento estudiantil dos grandes corrientes. La primera se manifestó en las posiciones del PRD a través de sus agrupaciones estudiantiles como el CEU-histórico, la Red, La Coordinadora Estudiantil, el CEM y agrupaciones como el FZLN y algunos miembros del Frente Popular Francisco Villa, que, en el caso de la FCPyS constituyeron una sólida alianza (que se conoció como "Santa Alianza") con otros grupos como el Cine Club de Políticas, de postura derechista.
La segunda expresión política se aglutinó en el Bloque Universitario de Izquierda (BUI), con corrientes como la Unión de la Juventud Revolucionaria de México (UJRM) del Partido Comunista de México, En Lucha, el POS y la Coalición de Políticas (hoy Frente de Lucha Estudiantil "Julio Antonio Mella"). También se integró con miembros a título personal que más tarde formarían agrupaciones como Conciencia y Libertad en Ciencias Políticas y Rebeldía en distintas escuelas, grupos que finalmente terminaron por mostrar afinidad con En Lucha, con CLETA y con el Movimiento de Unidad y Lucha Popular (MULP) que, juntos, decidieron erigir en su "enemigo principal" a estudiantes de esa Facultad y de Contracorriente, simplemente porque éstos últimos divergían de sus concepciones y prácticas políticas cercanas al perredismo.106
Una tercera corriente, que siempre se planteó como "centrista" pero que, al final de las votaciones sustanciales que iban definiendo al movimiento estudiantil, terminaba por volcarse hacia la corriente En Lucha y, en múltiples ocasiones, coincidía con los moderados, fue la UJRM junto con CLETA, si bien hay que mencionar que esta última no ejerció su voto, sino hasta el final de la huelga, cuando empezó a coincidir en cuestiones sustanciales con el grupo En Lucha en cuestiones como el Congreso, la paridad, la formación de la comisión fija, el plebiscito, la "oferta global", etcétera.
La primera corriente marcó la misma estrategia del CEU de 1986-87: primero evitar la huelga y, cuando ésta estalló, buscar un diálogo con las autoridades limitando a priori el Pliego Petitorio, reduciendo el conflicto a un solo punto, como condición para levantar la huelga, contrariamente a lo que estipulaba el Primer Manifiesto a la Nación del Consejo General de Huelga y su Plataforma de Lucha.107 Esta corriente, - (incluso académicos ligados al PRD) -, a dos semanas de iniciada la huelga, afirmaban que el movimiento estudiantil había entrado en un proceso de "desgaste" y planteaban que con la sola derogación, o incluso con la suspensión de las reformas, de las modificaciones al Reglamento de Pagos, el movimiento habría "triunfado", queriendo repetir paso a paso lo ocurrido en 1986-87.108
La segunda corriente, por el contrario planteaba que el movimiento se encontraba en ascenso y, en particular, recibiendo la solidaridad y el apoyo de los trabajadores y de las organizaciones sociales, como se demostró al encabezar una de las columnas de la multitudinaria marcha del primero de mayo de 1999.
A diferencia de los "históricos", más tarde conocidos como "moderados" que postulaban que el movimiento debería de desarrollarse dentro de la propia universidad, la corriente del BUI vislumbraba la posibilidad de impulsar y trascender el movimiento a escala nacional unificando la lucha estudiantil alrededor de demandas comunes: defensa de la educación pública y gratuita, aumento del presupuesto a la educación, mejoramiento de los salarios de los profesores del país, etcétera. Esta fue más tarde la posición de agrupaciones como Contracorriente, de orientación trotskista, pero fuera del BUI. Por lo que se planteó la necesidad de ampliar el PP en dos puntos: agregar la demanda de la "desvinculación de la UNAM del CENEVAL" y, como recomienda la UNESCO, que se asignara el 8% del PIB a 1a educación y, de este total, el 2.5% a la media superior y superior. Sin embargo, esta última demanda no fructificó debido al bloqueo de los moderados.
Respecto a la democratización de la UNAM también hubo diferencias entre estas dos corrientes; la primera consideraba que el asunto de la transformación democrática de la UNAM era mejor dejarlo para mejores tiempos, mientras que la segunda sustentaba la tesis de que si no se iniciaba el proceso de transformación democrática de los órganos de gobierno, se iba a entrar en un reflujo donde los únicos ganadores serían nuevamente como en el 86-87, la burocracia universitaria y sus aliados ocultos porque, al igual que en el pasado, se dejaría sin tocar la estructura autoritaria y rígida de gobierno de la UNAM amparada en la Ley Orgánica de 1945.
Cabe mencionar que las posiciones de estas dos corrientes se manifestaron también entre los académicos y los trabajadores administrativos. Por otra parte, dentro del movimiento estudiantil participó el Consejo Estudiantil Metropolitano (CEM) dirigido por Higinio Muñoz, que si bien en un principio, no expresaba una clara posición, o se mantenía dentro del CGH como una "fuerza centrista"; sin embargo, pronto terminó por converger, y se definió políticamente, con la primera corriente durante el curso de la huelga estudiantil y en la poshuelga, hasta que prácticamente desapareció del movimiento del CGH, junto con los moderados.
Debido a que los grupos perredistas (CEU-histórico, CEM, Coordinadora Estudiantil, RED), no pudieron hegemonizar y controlar políticamente la dirección del movimiento estudiantil, verdadera causa de su hostilidad hacia el CGH, pronto se desató una guerra sin cuartel contra las otras corrientes y posiciones políticas que no se enmarcaban en su estrategia dentro de la universidad y en el marco del proceso electoral del 2 de julio. Entonces se esgrimieron una serie de argumentos109 para caracterizar al CGH como un movimiento intransigente y sin trascendencia política y, a partir de allí, surgió la más despiadada, acérrima y agria oposición al CGH. A su modo lo expresa Elvira Concheiro: "La carga que significó el mote de moderados y las acciones que parecían confirmar los prejuicios de los grupos ultras, hizo que la corriente de estudiantes que sostenía, tanto en el interior como hacia afuera del movimiento, formas y planteamientos democráticos no contara con la capacidad de articular su fuerza e influir decisivamente. Incapaces de conformar una dirección política y liderazgo propios, esos estudiantes, muchos de ellos militantes o simpatizantes del PRD, se vieron siempre limitados para hacer suyo el movimiento y alejarse de influencias políticas, en realidad personales, externas al ámbito universitario. Las importantes iniciativas que llevaron a cabo, en particular las dos consultas plebiscitarias, no lograron, pese a todo, ser elementos que ampliaran y consolidaran su fuerza al tiempo que nutrieran al movimiento en general".110
Evidentemente que lo anterior está dirigido a un público que desconoce las particularidades de la huelga y sus diversas corrientes interactuantes, los conflictos y luchas intestinas; pero no para quien la vivió y testificó las diversas prácticas políticas de todos los participantes en el movimiento. Al respecto, una reciente publicación retrata el papel de los moderados en la huelga, antes y después de su rompimiento: "Durante los meses más recientes, es decir junio, julio y lo que va de agosto, algunos diarios de publicación nacional, como El Financiero y La Jornada, se han dedicado a entrevistar a los estudiantes 'moderados', haciéndolos parecer como ex líderes o peor aún, como líderes del movimiento estudiantil, cuyas tendenciosas opiniones tratan de presentar al CGH, como un grupito de nostálgicos ultras, o como unos cuantos que ya no tienen fuerza dentro de la UNAM.
Quienes desconocen la historia de esos 'moderados', pueden ser engañados por tales afirmaciones, pero, quienes los vimos actuar durante el movimiento de huelga 1999-2000, conocemos cada uno de sus gestos, muy vistos en la televisión, reconocemos sus voces muy escuchadas en la radio, (por ejemplo cuando la estación de Formato 21 hasta les telefoneaba a sus casas, interrogándolos, como si fueran los voceros oficiales del CGH, y ellos cínicamente asumían dicho papel), los vimos mordiendo brazos en los CGH’s111, los vimos repartiendo codazos al abalanzarse sobre la mesa en las plenarias, los vimos golpear de manera inmisericorde a los estudiantes que entonces seguían defendiendo los seis puntos del pliego petitorio a través de las Consultas, los vimos quedarse tranquilamente en sus seudo guardias, sin esforzarse nunca por acudir a los actos políticos del CGH, los vimos deslindarse del mismo y tratar de hacer su CGH alterno, los vimos cuando en un acto sospechosamente publicitado entregaron las instalaciones de cuatro escuelas, pasando por encima de los acuerdos del resto de las escuelas. ¡A nosotros no nos engañan!, pero nos preocupa, que periódicos en los que algunas personas confían, traten de persuadirnos de algo que es irreal, o que nos vendan literalmente las mentiras que los 'moderados' difunden".112
Este retrato de familia, nos permite entender el papel que iban a desempeñar esos grupos antes, en y después de la huelga, sobre todo a partir del momento, como dijimos, en que cayeron en la cuenta de que no iban a hegemonizar el movimiento estudiantil, como lo hicieron eficazmente hace casi tres lustros. Creemos que, a partir de allí, se utilizaron todo tipo de medios: desde la represión selectiva y abierta, la denuncia, la manipulación de la imagen del movimiento estudiantil a través de los medios de comunicación e información, hasta el plebiscito del 20 de enero de 2000 realizado por la Rectoría, que contó con el apoyo tanto del PRD como del gobierno del Distrito Federal y de la intelectualidad que, como quedó demostrado, sirvió de antesala para la intervención y ruptura de la huelga en la UNAM por la PFP; las infiltraciones en las asambleas de los Comités de Huelga, el impulso al porrismo, el boicot y la desmovilización. A veces todo junto. Y ni así lo derrotaron.113
El movimiento estudiantil del CGH no fue controlado por ninguna corriente que actuó en el movimiento. Si es cierto que hubo momentos de cierta hegemonía por parte de las corrientes perredistas y de En Lucha-CLETA, las características que indicamos más atrás del CGH (horizontalidad, rotatividad, designación de los delegados en asambleas de cada escuela y facultad), fue lo que impidió que alguna corriente o partido político pudiera controlar, de manera indefinida, la dirección política del organismo estudiantil.