Otra mejora importante en el hardware soportado por Linux 2.6 está en el soporte de hyperthreading [hiper-hilos]: consiste en la capacidad de considerar, a nivel de hardware, un único procesador como dos o más. Actualmente sólo está disponible en algunos procesadores Pentium 4 modernos. En ciertas situaciones, el rendimiento mejora notablemente, aunque a costa de aumentar la complejidad en la planificación de procesos, entre otras cosas. La mejora de su soporte en el kernel requiere que el planificador sea capaz de reconocer y optimizar la carga entre los procesadores reales y virtuales de una misma máquina. En anteriores versiones de Linux, era posible sobrecargar uno de ellos, ya que era complicado evaluar la carga total. En este sentido, conviene destacar es que Linux se ha adelantado al resto del mercado, al soportar hyperthreading de forma inteligente y transparente. (Los servidores Windows 2000 pueden ver procesadores "falsos" adicionales, pero no los reconocen como virtuales: así, se requieren licencias adicionales para aprovechar estas CPUs. Hasta la aparición de WinXP, el soporte de Microsoft no estuvo completo.)