Aunque no tan nucleares como los dos cambios previos, la nueva revisión del kernel también incluye el concepto de "sub-arquitectura", que aumenta el alcance de Linux en nuevos categorías de hardware. Hasta ahora, Linux tendia a asumir que los tipos de procesador y de sistemas estaban ligados. Por ejemplo, al ver un procesador de tipo i386, se daba por hecho que se estaba ante un servidor basado en PC/AT. En Linux 2.4, se deshizo la ligazón para i386 con la adición de soporte para la Visual Workstation de SGI, una plataforma totalmente nueva pero basada en un chip de Intel. (De hecho, ya antes se había reconocido esta diversidad en muchas otras arquitecturas: los procesadores m68k se utilizan desde hace tiempo en Amigas, Macintosh y otras plataformas.) El gran cambio en Linux 2.6 ha sido reconocer esta diferencia de concepto y hacerla estándar, de forma que todas las arquitecturas tengan un tratamiento más coherente: agrupando sólo los componentes que deben ser agrupados.
Del brazo de esta estandarización vienen dos nuevas plataformas soportadas con procesadores i386. La primera es la arquitectura Voyager de NCR. Es un sistema SMP (desarrollado antes de la especificación MP de Intel, la habitual hoy día) basado en procesadores 486-686 en configuraciones de hasta 32x. El número real de configuraciones vendidas con esta arquitectura es bastate pequeño, y el soporte no ha llegado a las más antiguas. La segunda arquitectura incluida es más corriente: la plataforma PC-9800 desarrollada por NEC, que llegó a ser casi predominante en Japón hasta hace relativamente poco. Las máquinas PC-9800 originales tenían un procesador 8086; la línea fue evolucionando (en paralelo con los derivados del PC/AT) hasta llegar a tener procesadores tipo Pentium y soporte para multiproceso. (Como es lógico, Linux requiere de 386 en adelante.) Aunque completamente desconocida en los Estados Unidos [y en Europa], Microsoft ha sacado versiones de sus productos, hasta Windows 95, para estas máquinas. El fabricante ha abandonado oficialmente esta línea a favor de PCs más estándar.
Al formalizar el soporte en Linux para estos tipos de hardware "ligeramente diferentes", será más fácil crear variantes del kernel para otros sistemas, como almacenamiento dedicado y otros componentes basados en procesadores ya extendidos en la industria. Hay que tener muy claro que no debe llevarse esta subdivisión demasiado lejos. Se ha hecho la distinción entre varias sub-arquitecturas cuando hay componentes de bajo nivel en el sistema, como el enrutado de IRQ, que son un poco (incluso bastante) diferentes. Pero correr Linux en una consola X-Box es otra historia; aquí sólo los drivers y cuatro cosas más la separan de un sistema i386 "genérico": no debe por tanto considerarse como una sub-arquitectura.