En cualquiera (IDE,SCSI, primero, segundo o el que sea); a lo malo, malo SIEMPRE se puede arrancar linux usando un diskete de arranque; la mayoria de distribuciones permiten hacerlo antes de terminar con el proceso de instalacion. No seas impaciente y dile SIEMPRE que lo haga. Si la máquina tiene soporte de arranque CDROM, prácticamente la totalidad de las recientes distribuciones linux se pueden arrancar/instalar desde el CD.
Luego con calma se puede apañar siempre. En un momento dado, se puede arrancar desde Windows (en modo MS-DOS); incluso en distribuciones modernas es posible arrancar desde CD.